Im Rahmen der Instandstellung wurden zwischen Brunnen und Flüelen insgesamt 9 Tunnel mit einer Länge von insgesamt 5'380 Meter saniert. Dazu gehörten die bestehenden Ingenieurbauten (Portale, Gewölbe, Widerlager, Entwässerungen), sowie die gesamte Bahntechnik mit Fahrbahn, Kabelanlagen und Fahrleitung. In den zwei längsten Tunnel wurden die Selbstrettungsmassnahmen erweitert und auf den neusten Stand gebracht. Zudem wurde der Morschach-Tunnel für den 4-Meter-Korridor ausgebaut. Das bergseitige Gleis wurde bereits 2008/2009 umfassend saniert. Damit wird die gesamte Axenstrecke 4-Meter tauglich.
