Das frühere Teilprojekt 4 (Anpassung der Stammlinie) wurde im Zuge der Planung ins Teilprojekt 5 integriert. Im Rahmen des Teilprojekts 5 wurde von März 2013 bis Mai 2015 auf der ganzen Strecke die Stellwerktechnik modernisiert und mit zusätzlichen Signalen die Signalabstände, die sogenannten «Blöcke», verkürzt. Damit verbunden waren Anpassungen in den Stellwerken in Olten und Aarau sowie der Bau zweier neuen Stellwerke in Däniken und in der Wöschnau. Dank der neuen Stellwerktechnik und der zusätzlichen Signale können sich die Züge während den Hauptarbeiten trotz baustellenbedingter Temporeduktionen in kurzen Abständen gewohnt pünktlich folgen. Das erlaubt, die Arbeiten ohne allzu einschneidende auf den Fahrplan auszuführen.