Die Bauarbeiten betreffen den Abschnitt La Neuveville–Twann auf der Bahnlinie Neuchâtel–Biel und umfassen den Ausbau der bestehenden Bahninfrastruktur sowie den Neubau eines 2,130 Kilometer langen Doppelspurtunnels, der parallel zum bestehenden Strassentunnel der N5 und dessen Sicherheitsstollen verläuft.
Um die landschaftliche Belastung des neuen Tunnels möglichst gering zu halten, wurde zusammen mit dem ASTRA (Bundesamt für Strassen) die gemeinsame Nutzung des Sicherheitstollens im Strassentunnel geprüft. So konnte auch ein koordiniertes Einsatzdispositiv bei einem Unfall in einem der beiden Tunnels (ASTRA oder SBB) entwickelt werden.
Um Synergien zu schaffen, wurden in das Projekt auch Instandhaltungsarbeiten an den Bahn- und Sicherungsanlagen in Tüscherz sowie an der Fahrleitung in La Neuveville aufgenommen. Ebenfalls vorgesehen ist der Umbau des Bahnhofs Twann, um den Zugang zu den Zügen zu erleichtern und die Anforderungen des Behindertengleichstellungsgesetzes (BehiG) zu erfüllen, namentlich mit der Anhebung der Perrons und dem Bau von Zugangsrampen.
Nach der Inbetriebnahme des Tunnels wird das bestehende Bahntrassee am Bielerseeufer zurückgebaut und neu gestaltet. Die Bahninfrastruktur im Bahnhof Ligerz wird abgerissen und die Bahn durch einen Busbetrieb ersetzt.
Die Umnutzung des freiwerdenden Trassees stellt die betroffenen Gemeinden vor eine grosse Aufgabe. Sie haben sich entschieden, einen neuen, überkommunalen Zonenplan zu erstellen, um am Ort des bestehenden Bahnareals Grünzonen, Rebzonen und Zonen für öffentliche Nutzungen zu schaffen.
Dieses Projekt muss zahlreiche regionale Rahmenbedingungen berücksichtigen, etwa das UNESCO-Welterbe der Pfahlbauer-Fundstätte, den Eintrag im Bundesinventar der Landschaften und Naturdenkmäler von nationaler Bedeutung (BLN), die hydrogeologischen Einschränkungen (Grundwasser, Bielersee, Trinkwasserquelle Brunnmühle) und die geschützte Landschaft. Die beiden neuen Tunnelportale müssen sich optimal in die Landschaft und das bauliche Umfeld einfügen.