Le FFS sono strutturate in tre divisioni, nella società del Gruppo FFS Cargo e in otto settori centrali con funzioni di pilotaggio e di servizio. Il compito delle divisioni e della società del Gruppo consiste nello svolgere e sviluppare la propria attività operativa. Queste sono: 

• Viaggiatori 
• Infrastruttura
• Immobili
• Società del Gruppo: FFS Cargo SA

Altri otto settori centrali sono deputati alla direzione unitaria e alla gestione delle FFS e supportano le attività operative unitamente a funzioni di servizio e supporto. Questi settori centrali sono:

• Finanze
• Human Resources
• Informatica
• Comunicazione
• Sviluppo dell’azienda
• Sicurezza e qualità
• Diritto e compliance
• Supply Chain Management