Le FFS sono strutturate in quattro divisioni e quattro settori centrali con funzioni di pilotaggio e di servizio. Il compito delle divisioni consiste nello svolgere e sviluppare la propria attività operativa. Le divisioni sono:

• Traffico viaggiatori
• Immobili
• Cargo
• Infrastruttura
  

Altri otto settori centrali sono deputati alla direzione unitaria e alla gestione delle FFS e supportano le attività operative unitamente a funzioni di servizio e supporto. Questi settori centrali sono:

• Finanze
• Human Resources
• Informatica
• Comunicazione
• Sviluppo dell’azienda
• Sicurezza e qualità
• Diritto e compliance
• Supply Chain Management