In occasione della memorabile votazione del 20 febbraio 1898, la popolazione svizzera approvò con 386 634 voti favorevoli e 182 718 contrari la «Legge federale sull’acquisto e la gestione di ferrovie per conto della Confederazione e l’organizzazione amministrativa delle Ferrovie Federali Svizzere». La campagna elettorale fu molto dura: i sostenitori illustravano i vantaggi dell’unificazione delle ferrovie sotto l’egida dello Stato gridando al motto «le ferrovie svizzere per il popolo svizzero». Gli oppositori affermavano invece che bisognava difendersi da un nuovo esercito di funzionari, il quale avrebbe dato più potere allo Stato e ne avrebbe sperperato le finanze.

Il Consiglio d’amministrazione delle FFS si costituì già nellÆottobre del 1900; era composto da non meno di 25 membri scelti dal Consiglio federale affiancati da altri 25 membri eletti dai Cantoni e dai Semicantoni, oltre che di 4 membri scelti dai consigli dei circondari delle ferrovie. Già nel novembre del 1900 fu sottoscritto un contratto per l’acquisto tramite trattativa privata della Schweizerische Centralbahn (SCB) da parte della Confederazione, e il 14 dicembre 1900 l’Assemblea federale approvò tale acquisto. Ora occorreva procedere in fretta, poiché l’attività doveva essere avviata già all’inizio del 1901. Fu così che il mattino di Capodanno del 1901, alle ore 2.00, alla stazione di Berna si festeggiò l’arrivo del primo treno proveniente da Zurigo–Aarau–Olten, che poi proseguì per Losanna–Ginevra. All’inizio, però, l’esercizio della SCB era ancora affidato al personale della SCB, per conto della Confederazione. A metà del 1901, la Direzione generale delle FFS succedette al Dipartimento federale delle Ferrovie come autorità di vigilanza della SCB.

Poiché anche la Schweizerische Nordostbahn (NOB) finì sotto le «ali» delle FFS il 1° gennaio 1902, questa è considerata la data «ufficiale» della nascita delle Ferrovie Federali Svizzere.