In der denkwürdigen Abstimmung vom 20. Februar 1898 hatten die Stimmberechtigten mit 386 634 Ja gegen 182 718 Nein dem «Bundesgesetz betreffend Erwerbung und Betrieb von Eisenbahnen für Rechnung des Bundes und die Organisation der Verwaltung der Schweizerischen Bundesbahnen» zugestimmt. Der Abstimmungskampf war äussert heftig: Die Befürworter argumentierten unter dem Motto «Die Schweizer Bahnen dem Schweizer Volk» für die Vorteile einer Vereinheitlichung des Bahnwesens unter der Kontrolle des Bundesstaates. Die Gegner der Vorlage warnten vor einem zusätzlichen Beamtenheer, das die Macht des Bundes vergrössern und gleichzeitig seine Finanzen zerrütten würde.

Bereits im Oktober 1900 konstituierte sich der Verwaltungsrat der SBB; er umfasste damals nicht weniger als 25 durch den Bundesrat gewählte Mitglieder, dazu kamen weitere 25 durch die Kantone und Halbkantone gewählte Mitglieder sowie vier durch die Kreiseisenbahnräte gewählte Mitglieder. Schon im November 1900 kam ein Vertrag über den freihändigen Ankauf der Schweizerischen Centralbahn (SCB) durch den Bund zustande, und am 14. Dezember 1900 gab die Bundesversammlung ihre Zustimmung zu diesem Ankauf. Nun war Eile geboten, denn schon aufs Neujahr 1901 sollte dieser Handel rechtskräftig werden. So kommt es, dass der erste am Neujahrsmorgen 1901 in Bern aus Zürich–Aarau–Olten eingetroffene Zug um 2.00 Uhr vor seiner Weiterfahrt nach Lausanne–Genf festlich begrüsst wurde. Der Betrieb der SCB-Linien erfolgte aber zunächst noch mit SCB-Personal, aber auf Rechnung des Bundes. Mitte 1901 löste dann die Generaldirektion der SBB das Eidgenössische Eisenbahndepartement als Aufsichtsbehörde der SCB ab.

Da auf den 1. Januar 1902 auch die Schweizerische Nordostbahn (NOB) unter die «Fittiche» der SBB kam, gilt dieser 1. Januar 1902 als «offizielles» Geburtsdatum der Schweizerischen Bundesbahnen.