Zu den Abfällen mit erheblichen Auswirkungen gehören in erster Linie Sonderabfälle wie Holzschwellen und Asbest sowie grosse Mengen an Schienen und Schotter. Holzschwellen werden durch die SBB eingekauft, genutzt und nach Ende des Lebenszyklus vorwiegend thermisch verwertet. Pro Jahr fallen bei Trassenerneuerungen 12 000–18 000 Tonnen Holz an. Aufgrund der Imprägnierung mit Kreosot gelten die Schwellen als problematische Holzabfälle. Die SBB bereitet noch taugliche Bahnschwellen seit 2020 auf und setzt sie beispielsweise auf Nebengleisen wieder ein. So fliessen mindestens 10 Prozent der anfallenden Bahnschwellen in die Wiederverwertung. Dies fördert die Kreislaufwirtschaft, und die Schwellen werden bis an ihr Lebensende verwendet. 

Asbest wurde seinerzeit zur Isolation von Bahnwagen und Lokomotiven eingesetzt, die bis 1995 gebaut wurden. Asbest fällt deshalb vor allem bei der Verschrottung von altem Rollmaterial an. Aufgrund des tiefen spezifischen Gewichtes ist die Menge gering, doch besteht beim Einatmen von leicht gebundenem Asbest eine Gefahr für Leib und Leben. Alte Lokomotiven und Bahnwagen werden daher von einer Drittfirma gesetzeskonform asbestsaniert. In der Folge werden die Asbestabfälle durch die Drittfirma gesetzeskonform entsorgt und nicht weiterverkauft. 

Sämtliche übrigen Sonderabfälle werden durch eine Partnerfirma nach Möglichkeit aufbereitet und dem Recycling zugeführt (zum Beispiel Bleibatterien und Öl). Wenn ein Recycling nicht möglich ist, werden die Sonderabfälle deponiert oder, wo möglich und sinnvoll, thermisch verwertet. Mehr Informationen zu Sonderabfällen siehe reporting.sbb.ch. 

Altmetall in Form von Schienen fällt auf dem gesamten Streckennetz der SBB in grossen Mengen bei Unterhalts- und Erneuerungsarbeiten an (40 000–50 000 Tonnen pro Jahr). Wenn möglich, werden die Schienen aufgearbeitet und wieder eingesetzt. Die gesamte übrige Menge wird von Stahlwerken als Rohstoffersatz bei der Neustahlproduktion eingesetzt. 

Die absolut grösste Abfallgattung bei der SBB ist der Gleisaushub mit 175 903 Tonnen im Jahr 2023. Er besteht zum Grossteil aus Schottersteinen. Nicht mehr brauchbarer, verschmutzter Schotter wird von den Gleisen entfernt und gewaschen. Gutes Gestein wird zu Kies und Splitt weiterverarbeitet. Das nun gebrochene Gestein kommt in unterschiedlichen Anwendungen zum Einsatz, zum Beispiel als Deckbelag für den Strassenbau. So lassen sich rund 80 Prozent des Abfalls aufbereiten und wiederverwerten.

Konzernweit ist das Kompetenzzentrum Entsorgung dafür verantwortlich, eine einheitliche Abfallbewirtschaftung zu betreiben, durchzusetzen und zu überwachen. Die SBB betreibt einen eigenen, internen Recyclingbetrieb in Trimbach. Über das sogenannte SBB Recycling Center Wertstoffe verfolgt sie das Ziel, im Unternehmen anfallende Materialien intern wiederzuverwerten, aufzuarbeiten oder über den Wertstoffmarkt im Stoffkreislauf zu belassen. Ein elfköpfiges Team, bestehend aus Fachspezialist:innen aus der Entsorgungsbranche, dem Umweltbereich und dem Eisenbahnbetrieb, steuert sämtliche anfallenden Abfälle und Wertstoffe. Die SBB schult die betroffenen SBB Mitarbeitenden hinsichtlich ökologischer Verwertung und Entsorgung. Um die Recyklierbarkeit von Materialien sicherzustellen, integriert sie die Spezialist:innen zudem vermehrt in crossfunktionale Teams. So bringen die entsprechenden Spezialist:innen ihre Überlegungen hinsichtlich Recycling und Verwertung  bereits vor der Beschaffung ein.