Les travaux de mise en conformité de la gare de Tavannes prévoient notamment la création d’un nouveau passage inférieur, la démolition puis reconstruction de deux quais (plus longs, plus larges et plus hauts) dont l’un sera commun pour les CJ et les CFF afin de proposer des correspondances sur un même quai, la création d’un bâtiment de service qui accueillera une partie du nouvel enclenchement informatisé, ainsi que le renouvellement et l’optimisation des installations techniques ferroviaires (voies, lignes de contact, chauffage des appareils de voie et évacuation de eaux). 

Les travaux de mise en conformité de la gare de Reconvilier comprennent la création d’un nouveau quai de 120 mètres, le renouvellement et l’optimisation des installations techniques ferroviaires telles que la voie, la ligne de contact, le chauffage des appareils de voies et l’évacuation des eaux, ainsi que la création d’un point d’enraillement utile aux BKW pour le transbordement rail/route des transformateurs d’urgence. 

La commune et le canton de Berne effectuent également des travaux à Reconvilier, notamment à la Route de Saules. 

Des travaux de renouvellement de la ligne de contact et des passages à niveau sont prévus à Pontenet.

Les travaux planifiés en gare de Malleray-Bévilard prévoient la création de deux quais extérieurs de 120 mètres, la création de rampes d’accès, l’installation d’un abri voyageurs sur le quai 2, ainsi que le remplacement, déplacement et l’agrandissement de l’abri à vélos. La halle marchandise CFF sera réaménagée pour y installer une partie du nouvel enclenchement informatisé. 

Les travaux planifiés à Sorvilier ont pour objectif d’optimiser les nouvelles installations de sécurité et comprennent notamment le renouvellement des installations de sécurité aux deux passages à niveau à proximité de la gare, le renouvellement du marquage tactilo-visuel en gare, ainsi que divers travaux de câbles. 

Les travaux de mise en conformité de la halte de Court comprennent la création d’un nouveau passage inférieur, le rehaussement, l’élargissement et la prolongation des deux quais, la création de rampes, le renouvellement et l’optimisation des installations techniques ferroviaires telles que la voie, la ligne de contact, le chauffage des appareils de voie et l’évacuation des eaux. Un nouvel abri voyageurs sera construit sur le quai 2.

Deux aqueducs à proximité immédiate de la gare seront également assainis dans le cadre de l’interruption de la ligne ferroviaire. 

La gare de Moutier a déjà été mise en conformité. Néanmoins, des formations de convois de chantier seront réalisés en gare de Moutier pour les besoins du chantier dans les Gorges de Court notamment.