Da die Strecke Zürich–Schaffhausen bei Jestetten und Lottstetten über deutsches Gebiet führt, sind das Schweizer Bundesamt für Verkehr (BAV) sowie das Regierungspräsidium Freiburg des Land Baden-Württemberg für die Genehmigungen zuständig.
Das Genehmigungsverfahren für das Ausbauprojekt «Doppelspurausbau Lottstetten–Jestetten» läuft weiterhin. Aufgrund einer Vielzahl eingegangener Einwendungen und des noch ausstehenden öffentlichen Erörterungstermins verschiebt sich der bisher geplante Baubeginn auf Ende 20er, anfangs 30er Jahre. Eine neue Terminplanung bzw. ein definitives Bauprogramm kann erstellt werden, sobald die rechtskräftige Planfeststellung vorliegt. Aus heutiger Planungssicht rechnet die SBB mit einer Bauzeit von rund vier Jahren.