Er ist inklusive der Rampen ungefähr 1.7 Kilometer lang und hat vier Zufahrtsmöglichkeiten. Eine von Neuenburg her, eine aus dem Gürbetal sowie je eine von der Nord- und Südseite des Bahnhofs Bern. Der Holligentunnel wird sozusagen von der Höhe des Insel-Parkings bis etwa zum Bahnhof Europaplatz führen. Sowohl Personen- als auch Güterzüge sollen hindurchfahren können. Der Tunnel ist grösstenteils einspurig, im Bereich der westlichen Tunnelrampe liegen zwei Spuren nebeneinander.

Da sich der Tunnel mit der bestehenden Unterführung Steigerhubel auf gleicher Höhe kreuzen wird, muss die bestehende Unterführung ausser Betrieb genommen werden. 

Mit diesem Tunnel kreuzen sich die Züge nicht mehr niveaugleich und behindern sich gegenseitig, sondern sind auf zwei Ebenen aufgeteilt. Damit überträgt sich etwa die Verspätung eines Zuges nicht mehr auf die Fahrzeit anderer Züge im Gegenverkehr. Mit dem Tunnel können also sogenannte Kreuzungskonflikte vermieden und der Fahrplan stabiler gemacht werden.