Im Auftrag des Bundes plant die SBB das Projekt. Die Arbeiten beinhalten eine vertiefte Planung aller Fachbereiche und der Bauphasen. Betroffene Land- und Rechtseigentümer werden über das geplante Projekt informiert. Mit Vertretern der Gemeinden werden die Lösungen abgestimmt.
Da die Strecke Zürich–Schaffhausen bei Jestetten und Lottstetten über deutsches Gebiet führt, sind das Schweizer Bundesamt für Verkehr sowie das Regierungspräsidium Freiburg des Land Baden-Württemberg für die Genehmigungen zuständig.
Aus heutiger Planungssicht rechnet die SBB mit einer Bauzeit von rund vier Jahren.
Bei einem Projektverlauf ohne Beschwerdeverfahren ist ein Baustart aus heutiger Sicht in der zweiten Hälfte der 2020er-Jahre möglich. Ein definitives Bauprogramm kann erstellt werden, sobald die rechtskräftige Verfügung des Bundes vorliegt (voraussichtlich rund ein Jahr vor Baustart).