Den Nutzerinnen und Nutzern des Bahnhofs Muttenz bringt die Entflechtung Basel–Muttenz mehr Zug, weniger Gedränge, kürzere Wege und mehr Komfort. Einerseits, weil das Perron Gleis 4 dank der Güterverkehrsumfahrung via Rangierbahnhof neu systematisch für den S-Bahn-Verkehr nutzbar wird. Anderseits, weil die SBB den Bahnhof behindertengerecht ausbaut, mit einem neuen Perron Gleis 4 sowie einer neuen leicht breiteren und höheren Unterführung. Der S-Bahn-Viertelstundentakt zwischen Basel und Liestal sorgt zudem für zusätzliche Verbindungen in Muttenz.
Das Abfahrts- und Ankunftskonzept am Bahnhof Muttenz wird übersichtlicher. Neu halten alle S-Bahn-Züge Richtung Liestal und Fricktal am Perron Gleis 4 und alle S-Bahn-Züge Richtung Basel auf Perron Gleis 1. Der Mittelperron wird nur noch in Ausnahmefällen angefahren, zum Beispiel bei Gleissperrungen wegen Bauarbeiten. Durch dieses neue Abfahrts- und Ankunftskonzept wird die Unterführung entlastet. Wer in Richtung Fachhochschule gehen will, kann ab Perron Gleis 4 den neuen Fussweg via Grenzacherbrücke benutzen, anstatt die Unterführung.
Die Anwohnerinnen und Anwohner erhalten mit der neuen Passerelle Hagnau eine behindertengerechte und weniger steile Fuss- und Veloverkehrsverbindung. Der Lärmschutz wird mit einer neuen 1050 Meter langen Lärmschutzwand zwischen Museum Pantheon über die neue Donnerbaumbrücke hinweg bis zum Stadion St. Jakob optimiert. Mit den neuen Lärmgrenzwerten für sämtliche Güterwagen (Bundesgesetz über die Lärmsanierung der Eisenbahnen BGLE) werden zudem ab 2020 Fahrten mit lärmigen Güterwagen auf dem Schweizer Bahnnetz faktisch verboten.
Die Stützmauer im Hang Schänzli wird dank ihrer gestaffelten Konstruktion und der naturnahen Begrünung ansprechender gestaltet sein als heute. Zudem erhält der Bahnhof Muttenz eine neue weniger intensiv ausstrahlende Beleuchtung gemäss neusten Standards, ohne Beeinträchtigung der Helligkeit für die Reisenden am Bahnhof.