Die Personenzüge der SBB fahren elektrisch und stossen damit wenig Luftschadstoffe aus. Eine Ausnahme bilden die Dieselloks, welche die SBB für Rangierarbeiten, im Unterhalt oder für die Nahzustellung von Gütern einsetzt. Zum Schutz der Umwelt hat die SBB ihre Dieselflotte schon früh mit Partikelfiltern ausgerüstet, der effizientesten Massnahme gegen Dieselruss. Um den Dieselverbrauch in ihrer Flotte weiter zu reduzieren, hat die SBB ab 2012 Hybridloks beschafft, welche den Diesel-Hilfsmotor nur noch auf nicht elektrisierten Abschnitten nutzen. Die SBB hat sich in ihrer Klimastrategie zum Ziel gesetzt, bis 2040 die Dieselflotte auf mit erneuerbaren Energien betriebene Fahrzeuge umzustellen. 

Beim Abrieb von Rädern, Schienen, Bremsen und Fahrdraht entsteht Feinstaub, der im Wesentlichen aus Eisenpartikeln stammt. Rund 50% dieser Feinstaubemissionen entstehen beim Bremsen. Gemäss wissenschaftlichen Untersuchungen verursacht die SBB jährlich etwa 1000-1400 Tonnen Feinstaub. Trotz der geringen Feinstaubmenge aus dem Bahnbetrieb versucht die SBB ihre Emissionen weiter zu senken. Durch die konsequente Anwendung der elektrischen statt der pneumatischen Bremse kann der Anteil vom Feinstaub weiter reduziert werden: Beim elektrischen Bremsen arbeiten die Motoren als Generatoren und speisen Energie zurück in die Fahrleitung. So wird Energie gespart und zusätzlich weniger Feinstaub emittiert. Die Lokführer und Lokführerinnen werden dazu regelmässig geschult.

Luftqualität im unterirdischen Bahnhof. 

Ein unterirdischer Bahnhof funktioniert wie ein fast geschlossener Kreislauf. Stoffe aus dem Bahnbetrieb lagern sich in der Umwelt ab. In einem Bahnhof heisst dies auf Perrons, Wänden und im Reinigungsabwasser. Ein Teil der Stoffe bleibt auch in der Luft und wird immer wieder aufgewirbelt oder mit den Zügen weitertransportiert. Wie dieser Kreislauf von freigesetzten und abgelagerten Stoffen in einem unterirdischen Bahnhof funktioniert, untersuchte die SBB ab 2014 in einem Projekt im Bahnhof Zürich Museumstrasse. Die Studie zeigte, dass die Feinstaubbelastung dank des verstärkten Einsatzes der elektrischen Bremsen sinkt und insgesamt für die Kundinnen und Kunden gesundheitlich unbedenklich ist.