Der Bahnbetrieb im Knoten Bern läuft also über die ganze Bauzeit weiter. Wie in anderen Bauprojekten muss jedoch zwischenzeitlich der Fahrplan ausgedünnt/angepasst werden. Wo Züge ausfallen, werden wenn möglich Ersatzangebote etwa in Form von Bussen bereitgestellt.

Während des Baus der Haltestelle Europaplatz Nord als Ersatz für die Haltestelle Stöckacker werden die Züge bei der Haltestelle Stöckacker während rund zwei Jahren nicht halten können. 

Bereits absehbar ist eine Einschränkung im Fahrplan auf der Gürbetallinie wenn die Tunnelrampe in Richtung Gürbetal gebaut wird. Derzeit werden noch die Kapazitäten und möglichen Szenarien geprüft, weshalb die genauen Auswirkungen auf die Reisenden noch nicht genannt werden können.