Der Bahnbetrieb im Knoten Bern läuft über die ganze Bauzeit weiter, aufgrund der Bauarbeiten wird es aber Änderungen im Fahrplan im Regional- und Fernverkehr geben. Die Bauarbeiten werden so geplant, dass die Baubereiche die Betriebsgleise so wenig wie möglich einschränken. Wo Züge trotzdem ausfallen, werden wenn möglich Ersatzangebote bereitgestellt, etwa in Form von Bussen.

Zudem wird der Bahnhof Stöckacker auf den Fahrplanwechsel im Dezember 2025 aufgehoben. Der neue Bahnhof geht im September 2027 (erste zwei Perronkanten) in Betrieb. Auf der Linie Bern–Neuenburg fehlt also fast zwei Jahre lang eine Haltestelle. 

Zudem wird es auf der Bahnlinie durchs Gürbetal voraussichtlich ab Ende 2030 bis ca 2033 zu Änderungen kommen. Wegen der Bauarbeiten am Holligentunnel muss zwischenzeitlich immer eines oder zwei der drei Gleise in diese Richtung ausser Betrieb genommen werden.