Reisende und Passantinnen und Passanten sollen im Bahnhof Basel SBB auch künftig sicher und pünktlich an ihr Ziel gelangen. Deshalb enthält der Ausbauschritt 2035 unter anderem Bundesgelder für die Planung und den Bau einer zusätzlichen Gleisquerung mit Perronanschlüssen. Dieses Projekt mit Namen «Perronzugang Margarethen» beinhaltet eine rund 15 Meter breite Fussverkehrsbrücke. Sie soll direkt an der Ostseite der Margarethenbrücke liegen und alle Perrons mit Treppen, Rolltreppen und Doppelliften erschliessen. Teil des Projekts sind zudem umfangreiche Umbauten im Bereich der Perrons und Gleise.

Um die Perrons an den neuen Perronzugang Margarethen anbinden zu können, sind umfangreiche Anpassungen der Gleis- und Perronanlage nötig. Diese plant die SBB so, dass sie auch den späteren, weiterführenden Ausbauplänen Rechnung tragen. So müssen die fünf Perrons an den Gleisen 4 bis 12 nach Westen verlängert werden. Den notwendigen Platz dafür wollen die Planerinnen und Planer mit dem Rückbau der Gleise und Perrons im französischen Bahnhofsteil (Bahnhof SNCF, Gleise 30 bis 35) gewinnen. Die Gleise im Bahnhof SNCF enden somit nicht mehr dort. Sie werden in den Bahnhof Basel SBB integriert und durchgebunden. Grund ist, dass separate Gleise für Züge von und nach Frankreich bei Eröffnung des Perronzugangs Margarethen nicht mehr nötig sein werden, da auf den grenzüberschreitenden Linien dann bereits mehrstromfähige Züge verkehren. Die historische Perronhalle des Bahnhofs SNCF wird die SBB anpassen müssen. Die internen und externen Fachstellen für Denkmalpflege zieht sie dabei laufend und eng mit ein. Der Westflügel des Bahnhofs Basel SBB ist nicht betroffen.

Am 4. November 2022 erteilte das Bundesamt für Verkehr (BAV) der SBB den Auftrag, das sogenannte Vorprojekt zu erstellen. An dessen Anfang ist ein Gestaltungswettbewerb geplant. Die SBB will diesen im zweiten Halbjahr 2023 via siamp.ch ausschreiben, der Beschaffungsplattform des Bundes und der bundesnahen Unternehmen. Zum einen soll mit dem Wettbewerb ein verkehrlich und stadträumlich optimales Zusammenspiel mit einem künftigen Ersatzneubau für die Margarethenbrücke entwickelt werden. Zum anderen liegt der neue Perronzugang im Perimeter des Bundesinventars der schützenswerten Ortsbilder von nationaler Bedeutung. Er hat darum entsprechend hohen Gestaltungsansprüchen zu genügen. Dazu bietet ein Wettbewerb die besten Voraussetzungen.

Ziel des Vorprojekts ist es anschliessend, das Wettbewerbsresultat so zu vertiefen, dass die bauliche und technische Umsetzung des Perronzugangs aufgezeigt werden kann. Auf das Vorprojekt folgt das Auflage- und Bauprojekt. Diese Projektierungsphase beinhaltet unter anderem das Bewilligungsverfahren mit öffentlicher Auflage. Parallel dazu plant der Kanton Basel-Stadt Verbesserungen für den Fuss- und besonders für den Veloverkehr und stimmt diese technisch und terminlich eng mit dem Perronzugang Margarethen ab.

Frühestmöglicher Baubeginn für den Perronzugang Margarethen ist aus heutiger Sicht 2031, frühester Inbetriebnahmetermin 2037.

Die Kosten für das Gesamtprojekt liegen nach aktuellem Kenntnisstand in niedriger dreistelliger Millionenhöhe. Auftrag- und Geldgeber ist der Bund.

Im Rahmen der Fünfpunkteplan-Studie zum langfristigen Ausbau des Bahnknotens Basel kamen Bund, SBB und die beiden Basel 2019 zum Schluss, dass man 

1. den Bahnhof SBB langfristig mit mehreren zusätzlichen Gleisquerungen erschliessen muss.
2. eine erste dieser Querungen westlich der bestehenden Passerelle realisieren soll, im Rahmen des Ausbauschritts 2035.

Die SBB prüfte in der Folge im Rahmen eines weiteren Studienauftrags des Bundes zwei Optionen für eine solche Querung: 

1. eine Unterführung zwischen der bestehenden Passerelle und der Margarethenbrücke
2. eine oberirdische Perronanbindung bei der Margarethenbrücke

Am 4. November 2022 gab der Bund der SBB grünes Licht, die zweite Option planerisch weiterzuverfolgen, den Perronzugang Margarethen.

Die Wahl fiel aus drei Gründen auf eine oberirdische Erschliessung im Westen und damit auf den Perronzugang Margarethen. 

• Erstens verschieben sich die Halteorte der Züge im Bahnhof Basel SBB künftig mehr nach Westen und damit näher zur Margarethenbrücke. 
• Zweitens erschliesst der Perronzugang Margarethen den künftigen Tramknoten «Markthallenplatz» besser. Mit diesem will der Kanton den Centralbahnplatz verkehrlich entlasten. 
• Drittens ist es sinnvoller, eine neue Personenunterführung in enger Abstimmung mit einem künftigen Tiefbahnhof zu planen und zu realisieren. Beides – Personenunterführung und Tiefbahnhof – sind für spätere Angebotsausbauten im und um den Bahnknoten Basel nötig, so die Erkenntnisse aus der Studie Fünfpunkteplan.